Фамилия Шикша звучит необычно и сразу привлекает внимание. Её происхождение напрямую связано с растением — шикшей, или водяникой. Это низкорослый северный кустарничек с чёрными ягодами, который растёт на торфяниках и в тундре. В народе шикшу называли также «вороникой», «голубицей» или «медвежьей ягодой». Прозвище Шикша могли дать человеку, который жил в местах, изобилующих этим растением, собирал его или торговал им. Возможно, так называли и того, кто походил на кустик шикши — например, был невысоким, коренастым, или же имел тёмные, как ягоды, волосы.

Фамилия образована без какого-либо суффикса, по так называемой «чистой» модели: прозвище Шикша стало фамилией напрямую. Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, а также для фамилий, возникших из прозвищ на -а. Встречается она преимущественно на севере и северо-западе России — в Архангельской, Вологодской, Ленинградской областях, а также в Карелии. Такая география совпадает с ареалом произрастания шикши, что лишний раз подтверждает «растительную» версию.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: связь с тюркским словом «шикша» — так в некоторых диалектах называли мелкого вора или плута. Однако эта версия слабая, потому что фамилия практически не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием, а её основной ареал — русский Север, где тюркизмы редки. К тому же, в русских говорах слово «шикша» в значении «вор» не зафиксировано.

В дореволюционных переписях носители фамилии Шикша чаще всего были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не известно. Встречается она и в старообрядческой среде — некоторые общины Поморья и Сибири сохраняли фамилии, образованные от названий местных растений и ягод. Сравните с однокоренными фамилиями: Шикшин (с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность к роду Шикши), Шикшев, а также более редкой Шикшов. Все они восходят к одному корню и говорят о том, что предок человека с такой фамилией был тесно связан с природой северных лесов и болот.