Фамилия Шикшина — женская форма мужской фамилии Шикшин. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно указывают на принадлежность: «чей сын?» — Шикшин, то есть сын Шикши. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Шикша.

Корень фамилии — слово «шикша». В русских говорах у него несколько значений. В северных и сибирских диалектах шикша — это ягода водяника (вороника), известная также как «шикша» или «голубица». Прозвище Шикша могли дать человеку, который любил эту ягоду, собирал её или торговал ею. Однако есть и другая, более прозаическая версия: в некоторых областях «шикшей» называли колючку, репейник или вообще что-то мелкое, цепкое. В этом случае прозвище могло характеризовать внешность или характер — например, невысокого, юркого или назойливого человека.

Менее вероятно, но не исключено, что фамилия связана с тюркскими корнями. В татарском языке «шик» означает «сомнение», а «шикшән» — «подозрительный». Однако для фамилии Шикшин эта этимология спорна: суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ, а не для тюркских патронимов. Если бы основа была тюркской, мы бы скорее ожидали фамилию Шиков или Шикеев.

Фамилия Шикшин (и Шикшина) встречается редко. По данным переписей, она сосредоточена в основном в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает «ягодную» версию: ареал водяники — север и Сибирь. Встречаются также варианты написания с одной «ш» — Шикина, но это уже отдельная фамилия с другим корнем (от имени Шика, уменьшительного от Шишок или Шишка).

По сословной принадлежности носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин в массе своей закрепились за непривилегированными сословиями в XVI–XVII веках, когда прозвища превращались в наследственные фамилии. Дворянских родов Шикшиных в родословных книгах не отмечено.