Фамилия Шикунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. В основе прозвища Шикун лежит глагол «шикать». В некоторых диалектах глагол «шикать» также означал «шепелявить» или «шептать», а кое-где – «вонять». Следовательно, прозвище Шикун могло быть образовано и от слова с этими значениями. Не исключена также связь прозвища Шикун с французским словом chik («модный, светский»). Однако эта гипотеза представляется менее вероятной ввиду того, что заимствования из французского языка стали проникать в русскую лексику гораздо позже, чем сформировался основной корпус фамилий. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шикун, со временем получил фамилию Шикунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Шикунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шикунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.