Фамилия Шилихина — женская форма фамилии Шилихин, и её происхождение стоит искать не в глаголе «шить», как может показаться на первый взгляд, а в старинном русском прозвище или имени. Основа фамилии — слово «шилиха». В диалектах русского языка «шилиха» означала не только женщину-швею, но и, что важнее, непоседливого, бойкого или даже озорного человека (чаще о женщине, но могло быть и прозвищем мужчины). В говорах Вологодской, Архангельской областей «шилиха» — это также название небольшой птицы, вертлявой и быстрой.

Суффикс -их- в русских фамилиях указывает на принадлежность к роду: Шилиха — жена или вдова Шили, либо просто женщина по прозвищу Шилиха. А окончание -ин добавляет значение «чей?»: Шилихин — сын или потомок Шилихи. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -их и -ин особенно распространены.

Мужской вариант — Шилихин — мог образоваться и напрямую от мужского прозвища Шилиха. В старину мужчину с беспокойным характером или склонностью к сплетням (от глагола «шилить» — суетиться, подглядывать) тоже могли назвать Шилихой. Словарь В. И. Даля фиксирует «шилить» как «шататься без дела, шнырять». Таким образом, предок носителя фамилии мог быть человеком подвижным, юрким, возможно, торговцем вразнос или просто непоседой.

Встречается и версия о происхождении от канонического имени Сила (в просторечии Шила), но она менее вероятна: фамилия Шилихин (и Шилихина) географически тяготеет к северным говорам, где «шилиха» как самостоятельное слово было в ходу. По переписям XIX века носители фамилии чаще всего записаны в Вятской, Пермской и Вологодской губерниях — среди крестьян и мещан.

Фамилия Шилихина, таким образом, рассказывает о предке с живым нравом — или о женщине, чья энергия и характер запомнились соседям настолько, что её имя стало родовым.