Фамилия Шилинцева восходит к топониму Шилино или Шилинка. Населенные пункты с такими названиями широко распространены на территории России. Так, известны: деревня Шилинка в Брянской области, село Шилинка в Красноярском крае, деревня Шилино в Смоленской области. Сами топонимы, предположительно, происходят от литовского прилагательного silinis – «боровой, вересковый». Вероятно, основатель фамилии Шилинцевых был выходцем из населенного пункта под названием Шилино или Шилинка. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Шилинец, со временем получил фамилию Шилинцев.