Скорее всего, Шилкунас – это вариант белорусской фамилии Шилкун, образованной от аналогичного прозвища. Вероятно, оно восходит к литовскому слову šilkas – «шелк» или šilkonis – «шелковый». О шелке сложено немало пословиц: «Хорош на девке шелк, коли в девке толк», «Ковры семи шелков, а рубаха и не прядена!», «Слуги в шелках, а бояре в долгах» и т.д. Таким образом, прозвище Шилкун мог получить торговец шелком, а также работник шелковой фабрики: размотчик, варильщик, красильщик или мотальщик. Однако не исключено, что так называли покладистого или льстивого человека. Менее вероятной представляется другая гипотеза, согласно которой фамилия Шилкунас ведет свое начало от нецерковного мужского личного имени Шилко (от слова «шило»). Именование Шило встречается в документах с XV века, где отмечены: Иван Васильевич Шило Кучецкий, умер около 1485 года; князь Андрей Юрьевич Шило Шелешпанский, 1495 год.