Фамилия Шимкунас, вероятнее всего, является вариантом славянской фамилии Шимкун, адаптированной прибалтами, о чем свидетельствует латышско-литовское окончание -ас. Сама же фамилия Шимкун, предположительно, представляет собой застывшую форму имени: Шимкун — это просторечный вариант католического имени Шимон. В православной традиции этому имени соответствует имя Семен (Симеон). В переводе с древнееврейского оно означает «услышанный Богом в молитве». По внушению Святаго Духа праведный Симеон встретил Богомладенца в Иерусалимском храме, взял его на руки (почему и называется Богоприимцем) и сказал: «Ныне отпущаеши раба Твоего, Владыко!» Скорее всего, основатель рода Шимкунас был человеком из простого сословия. Выходцев же из других сословий, как правило, звали уменьшительными, производными именами По другой версии, фамилия Шимкун имеет севернорусское происхождение. В этом случае она образована от прозвища Шимкун и может быть связана с диалектным нарицательным «шима», которое в олонецких говорах имело значение «чуб». Таким образом, прозвище Шимкун могло указывать на прическу предка.