Фамилия Шимкова — женская форма фамилии Шимков, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Шимко. В основе лежит суффикс -к-, характерный для украинской, белорусской и южнорусской народной традиции: так образовывали уменьшительно-ласкательные или обиходные формы имён. Шимко — это вариант имени Симон (от древнееврейского Шимон — «услышанный Богом»). В славянской среде имя Симон переделали в народные формы: Шимон, а затем и Шимко, с заменой начального «с» на «ш» под влиянием польского или западнорусского произношения.

Модель образования проста: к основе Шимко добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть «сын Шимко». Полная мужская фамилия Шимков, а Шимкова — её женский вариант. Такая схема встречается у сотен тысяч русских фамилий, но именно эта стоит особняком из-за редкого корня: Шимко не столь распространён, как, скажем, Ивашко или Петько, поэтому фамилия чаще встречается в регионах, где исторически сильны западнославянские и украинские влияния — в Брянской, Смоленской, Псковской областях, а также в Беларуси.

Есть и другая, менее очевидная версия: Шимко могло быть прозвищем от глагола «шимать» или «шимшить» (в некоторых говорах — «медлить», «канителиться»). Но она спорная, так как эти диалектные слова редки и локальны, а имя Симон в народных формах даёт куда более надёжное объяснение. Скорее всего, предок носительницы этой фамилии был просто Симоном, которого в быту звали Шимко, а его дети пошли по отцу — Шимковы.

В сословном отношении Шимковы, как правило, принадлежали к крестьянам или мещанам: фамилии на -ов от уменьшительных имён редко встречались у дворянства, предпочитавшего книжные формы вроде Симонов. Поэтому корни фамилии — в простой сельской среде, где имя не усложняли, а сокращали до домашнего, тёплого Шимко.