Фамилия Шильниково — редкий случай, когда фамилия стоит в форме среднего рода, а не в привычных мужских (-ов, -ин) или женских (-а) окончаниях. Такая форма чаще всего указывает на то, что перед нами не родовое прозвище, а бывшее название села или деревни, которое закрепилось за выходцами оттуда. В русской традиции фамилии на -ово, -ево, -ино (вроде Иваново, Болдино) иногда давали переселенцам, указывая на их малую родину: «он из Шильниково» — так и осталось Шильниково.

Основа фамилии — «шильник». В древнерусском языке это слово имело два значения. Первое — ремесленное: шильник — тот, кто шьёт, портной или сапожник, работающий шилом. Фамилии от названий профессий встречаются сплошь и рядом, но суффикс -ик (-ник) в основе «Шильник-» указывает на конкретного мастера, а не на общее занятие. Второе значение, менее известное, — прозвище ловкого, пронырливого человека, «шила», то есть того, кто везде пролезет. В говорах «шильник» могло означать и мелкого воришку, плута. Какая из версий верна для конкретного рода — без документов не решить, но профессиональная этимология выглядит вероятнее: фамилии от ремёсел массово возникали в среде крестьян и посадских людей.

Географическая привязка здесь ключевая. В России есть несколько топонимов Шильниково — в Свердловской, Курганской, Новосибирской областях, а также в Пермском крае. Фамилия, скорее всего, и пошла от одного из таких поселений. Если ваш предок носил фамилию Шильниково, а не Шильников, это почти наверняка значит, что род происходил из местности, где деревня с таким названием была главным ориентиром. В метрических книгах XIX века такую форму могли записать как «крестьянин деревни Шильниково», а затем переделать в фамилию без изменений.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Обычные русские фамилии от прозвищ и профессий образуются через суффиксы принадлежности (-ов/-ев, -ин). Шильниково — это застывшая форма именительного падежа среднего рода. Она не склонялась, как типичные фамилии, а оставалась неизменной: «у Петра Шильниково», «к Марье Шильниково». В современном русском языке такие фамилии редки, и их часто «исправляют» на мужской вариант Шильников, что стирает исходную географическую подсказку.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Шилов, Шильников, Шиляев, — то Шильниково выбивается из ряда именно своей топонимической природой. Шильников — прямая профессиональная фамилия («сын шильника»). Шилов — от прозвища Шило (острый на язык или на руку). А Шильниково — это не про сына, а про место. Поэтому носители этой фамилии, скорее всего, ведут свой род от крестьян или однодворцев, которые переселились в другие земли, но сохранили в фамилии память о покинутой деревне.