Фамилия Шильниковская — женская форма фамилии Шильниковский, которая принадлежит к распространённой в польско-белорусско-украинском пограничье модели на -ский/-цкий. Такие фамилии изначально указывали на владельческое или географическое происхождение: их давали по названию имения, местечка или урочища. В основе, скорее всего, лежит топоним Шильниково, Шильники или Шильник — названия, которые встречаются в разных регионах бывшей Речи Посполитой. Сейчас, например, деревня Шильники есть в Витебской области Беларуси, а Шильниково — в России.

Корень фамилии — шильник. В древнерусском и западнорусском наречиях так называли человека, который делал шилья или торговал ими, но чаще — мастера-скорняка, работавшего с шилом. В переносном смысле «шильник» имел и нелестное значение: плут, проныра, мелкий мошенник (от выражения «шильничать» — промышлять нечестным путём). Однако в основе фамилии лежит скорее профессия: в ремесленной среде прозвище Шильник получал сапожник или шорник, чья работа немыслима без шила.

Суффикс -овск- в фамилии Шильниковский — это усложнение: к прозвищу Шильник добавили притяжательное -ов- (Шильников), а затем уже от этой формы образовали фамилию на -ский. Такая цепочка типична для шляхетских фамилий, которые оформляли по образцу польской знати: не просто «сын Шильника», а «из рода Шильниковых» или «владелец Шильникова».

В отличие от чисто русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали прямую родственную связь (Шильников — сын Шильника), форма Шильниковский выдаёт более позднее, «облагораживающее» происхождение. Её носители в XIX веке могли быть мещанами или однодворцами, стремившимися подчеркнуть свой статус, либо же потомками обедневшей шляхты, которая сохранила фамильный суффикс. Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — Могилёвской, Витебской, Киевской.

Встречается и вариант с одним «н» — Шиликовский, но это, скорее, описка или результат диалектного произношения, где «ш» и «с» смешиваются. Основная версия остаётся прозрачной: предок носительницы этой фамилии был либо ремесленником, работавшим шилом, либо получил прозвище по названию деревни, где жил.