Фамилия Шилников образована от прозвища или нецерковного имени Шилник. Основа — «шило» или «шильный», то есть относящийся к шилу. Самая прямая версия: Шилником называли мастера, который работал шилом — сапожника, шорника, портного, кожевника. В русских говорах «шильник» — это и ремесленник, и пройдоха, ловкий человек. В словаре Даля «шильник» прямо зафиксирован как «портной, швец», а также в переносном смысле — «плут, обманщик». То есть фамилия могла возникнуть и по профессиональному признаку, и по характеру.

Модель образования проста: суффикс -ник указывает на лицо по действию или предмету (ср. плотник, сапожник, мельник). Затем к основе Шилник добавили фамильный суффикс -ов, типичный для русских фамилий, означающий «сын Шилника» или «из семьи Шилниковых». Так возникла фамилия Шилников — патронимическая по прозвищу отца.

Менее вероятная, но возможная версия: от топонима Шилниково. Такие деревни есть в Вологодской и Кировской областях. В этом случае фамилия означала бы «выходец из Шилникова», а корень всё равно восходит к тому же «шилу» или «шильному промыслу». Но географическая привязка слабая — деревень с таким названием немного, и они невелики.

В ономастических справочниках фамилия Шилников не относится к числу частых. Она встречается в основном на севере и северо-востоке европейской России — в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает связь с ремеслом: кожевенное и сапожное дело было распространено именно в этих регионах.

Интересная деталь: у фамилии есть «двойники» — Шильников и Шилов. Первая образована от той же основы, но через суффикс -ник без перехода «ь» в «и» (Шильник → Шильников). Вторая — от прозвища Шило. Шилников стоит между ними: это не просто «сын Шила», а именно «сын Шилника», то есть человека, которого знали по его ремеслу или повадке. Такая детализация — редкая для русских фамилий, и она делает Шилниковых носителями более конкретной, «профессиональной» истории, чем у просто Шиловых.