Фамилия Шилун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия в классическом понимании, а скорее всего, позднее образование или фамилия иноязычного корня.

Если разбирать её по модели, то основа «Шил-» может восходить к глаголу «шить» или к существительному «шило» (инструмент). В русских говорах «шило» — не только колющий инструмент, но и прозвище бойкого, пронырливого человека, а также название рыбы (уклейки) или птицы. Однако суффикс «-ун» в русской ономастике встречается редко и обычно указывает на действующее лицо по характерному действию: «бегун», «крикун», «ворчун». Соответственно, «Шилун» могло быть прозвищем человека, который много шьёт, либо того, кто постоянно «тычется» как шило — то есть беспокойного, назойливого. Такая модель образования — от глагольной основы с суффиксальным оформлением — встречается в украинской и белорусской традиции, где фамилии на -ун более часты (например, Скакун, Стригун).

Вторая, более вероятная версия — фамилия имеет немецкое или еврейское происхождение. В немецком языке существует фамилия Schilun или Schielung, которая могла быть русифицирована при переселении в Российскую империю. Немецкое «schiele» означает «косой», «кривой»; «Schieler» — человек с косоглазием. В таком случае «Шилун» — это адаптированная форма, где окончание «-ун» заменило немецкое окончание. Среди поволжских немцев или еврейских переселенцев такие фамилии не редкость.

Географически фамилия Шилун встречается единично — в основном в центральной России и на Украине, но нигде не образует плотных гнезд. Это говорит о том, что она могла возникнуть как индивидуальное прозвище в одной семье и не получила широкого распространения.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с тюркским корнем «шил» (в значении «мокрый», «болотистый»), но это маловероятно: фамилия не встречается в татарской или башкирской среде. Наиболее правдоподобное объяснение — либо прозвище по действию (шитьё или характер), либо немецкое заимствование, адаптированное на русской почве. Без дополнительных генеалогических данных определить точнее сложно, но оба варианта дают ясное представление о том, кем мог быть первый носитель: портным, егозой или переселенцем с особым зрением.