Фамилия Шидлун — редкий случай, когда корень почти наверняка не славянский, а балтийский или, шире, западно-балтский. В русском языке она выглядит чужеродно: нет привычного суффикса -ов, -ин или -ский, нет очевидной внутренней формы. Это не переделка и не калька, а прямое заимствование прозвища или имени в той форме, в какой его записал писарь.

Основа — литовское šydas или šidas, что означает «шест», «кол» или «жердь». В диалектах это слово могло относиться к долговязому, худому человеку — «жердь», «верста коломенская». Буква «л» в середине фамилии — характерный балтийский суффикс, часто встречающийся в прозвищах и фамилиях (сравните литовские Šidlauskas, Šidlauskis). Окончание -ун типично для восточнославянских фамилий, образованных от прозвищ с этим суффиксом (Болтун, Молчун), но здесь оно могло просто закрепиться при адаптации литовского слова на русской почве.

Вероятный сценарий появления фамилии: выходец из Великого княжества Литовского (территория современной Литвы, Беларуси или Смоленщины) получил прозвище Шидлун — «длинный, как жердь». Когда его потомки оказались в великорусских губерниях, писарь записал прозвище как есть, без типичного русского суффикса принадлежности, потому что оно уже звучало как фамилия. Подтверждение этой версии — встречаемость фамилии в западных регионах России, в областях, граничивших с Литвой (Псковская, Смоленская, Тверская). Там литовские по происхождению фамилии без суффиксов — не редкость.

Сословная принадлежность носителей Шидлун, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» нет, и в родословные книги она не попала. Это фамилия человека, которого когда-то прозвали за внешность — и прозвище прижилось настолько прочно, что пережило и саму балтийскую речь в семье, и сменило несколько поколений.

Единственная альтернативная версия — связь с немецким Schild («щит») или Schildler («щитоносец»), но она слаба: фамилия звучит как Шидлун, а не Шильд, и встречается именно в регионах литовского, а не немецкого влияния. Балтийский корень объясняет и форму, и географию без натяжек.