Фамилия Шильякова — женская форма от мужской Шильяков, и её разговорный вариант Шиляков встречается даже чаще. Это сразу даёт ключ к разбору: основа здесь не «шило», как может показаться на первый взгляд, а прозвище или имя Шиляй (Шильян, Шилько). Суффикс -як в русских прозвищах часто указывал на характерное действие или качество: «шилять» в диалектах означало «шататься, слоняться без дела», а «шиляй» — человек, который шиляет, то есть бродяга или лодырь. Впрочем, у слова есть и другое, более конкретное значение: в псковских и тверских говорах «шиляй» — это тот, кто ширяет, то есть разбрасывает, раскидывает (например, сено или зерно), а также просто неаккуратный, разгильдяй.

Версия с ремеслом, вопреки ожиданиям, маловероятна. Фамилии от «шила» (инструмента сапожника) давали бы форму Шилов или Шилкин, а суффикс -як здесь чужероден. Зато Шильяковы могли происходить от мирского имени Шилько — в старину так называли человека с острым языком или колким взглядом (от «шило» как метафора колкости). Такие имена давали для защиты от злых духов: назовут ребёнка «колючим» — и нечисть побоится тронуть. Однако в ономастических справочниках (например, у Веселовского) фиксируется именно прозвищная модель Шиляй, Шильян, что подтверждает бытовую, а не охранительную природу корня.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Псковская, Новгородская, Тверская области. Там же, кстати, встречаются однокоренные Шиляевы и Шильниковы — все они родственники по диалектной лексике. В XIX веке Шильяковы числились в основном среди государственных крестьян и мещан, без знатных ветвей. Социальный контекст прост: предок носителя фамилии, скорее всего, получил прозвище за манеру поведения — либо был непоседой, гулякой, либо, наоборот, отличался резкостью и неуживчивостью. Последнее правдоподобнее: в крестьянской среде «шиляя» не жаловали, прозвище давали скорее с осуждением.

Ударение в фамилии плавает: одни говорят Шильяко́ва (от Шиля́к), другие Шилья́кова (от Ши́льяк). Словари фамилий (Унбегаун, Никонов) не дают однозначной нормы, но в переписях XIX века чаще встречается вариант с ударением на второй слог — Шильяко́в. Это косвенно подтверждает, что основа — именно Шиля́й (усечённая форма Шиля́к), а не Шиль.