Фамилия Шилякова — женская форма от Шиляков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем предка. В основе лежит слово «шиляк». В русских говорах, особенно северных и сибирских, шиляком называли человека невысокого роста, щуплого, юркого, а иногда — того, кто «шиляет», то есть шныряет, суетится без толку. Встречается и другое значение: шиляк — это вид небольшой рыбы, вроде ерша или пескаря, что тоже могло стать метким прозвищем для невзрачного или подвижного человека.

Модель образования проста: к основе «Шиляк» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, получив отчество-фамилию Шиляков. Суффикс указывает на то, что предок носителя фамилии был сыном или потомком некоего Шиляка. В дореволюционной России такие фамилии чаще всего встречались среди крестьян и мещан, особенно на Русском Севере: в Архангельской, Вологодской губерниях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли говор с этим словом.

Фамилия Шиляков не относится к числу дворянских или книжных. Она бытовая, прозвищная, и её носители, скорее всего, были простыми людьми — крестьянами, рыбаками или ремесленниками. Интересно, что ударение в фамилии может падать как на второй слог (Шиляко́в), так и на третий (Шиля́ков), в зависимости от местной традиции. Второй вариант, с ударением на «я», считается более древним и характерным для северных говоров.

По сравнению с однокоренными фамилиями — Шилов, Шиловский, Шиляев — Шилякова стоит особняком: суффикс -як встречается реже, чем -ил или -ей, что делает фамилию более локальной и узнаваемой. В словаре Б. Унбегауна подобные модели описываются как типично простонародные, образованные от прозвищ с экспрессивной окраской.