Фамилия Шишлякова — женская форма от мужской фамилии Шишляков, и её основа — прозвище или нецерковное имя Шишляк. В русской ономастике слово «шиш» имело несколько значений: это и остроконечный предмет (шишка, кол), и бродяга, и даже бес в народной демонологии. Но конкретно суффикс -ляк указывает на характерный признак: Шишляком могли прозвать человека с заметной шишкой на теле, низкорослого («шиш» как маленький), либо того, кто промышлял разбоем или бродяжничеством. Вторая версия менее конфликтна: в псковских и тверских говорах «шишлять» означало «шнырять, суетиться», так что прозвище могло закрепиться за непоседливым или суетливым человеком.

Фамилия образована по древнейшей восточнославянской модели: основа + суффикс принадлежности -ов. Это значит, что Шишляков — буквально «сын Шишляка» или «человек из рода Шишляка». Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Костромской губерниях, где слово «шишляк» фиксировалось в переписях как личное прозвище ещё в XVII веке. Интересно, что в тех же краях бытовали однокоренные фамилии Шишов, Шишагин и Шишкарёв, но Шишляков стоит особняком из-за редкого суффикса -ляк, который в русских прозвищах встречается нечасто (сравните: Козляк, Мозгляк, Пустяк).

В документах XVIII–XIX веков Шишляковы нередко записаны среди государственных крестьян и однодворцев. Сословной элиты среди них не было — фамилия оставалась в крестьянской и мещанской среде, что типично для прозвищ, описывающих внешность или поведение. Сегодня носительница фамилии Шишлякова может с уверенностью сказать, что её предок получил своё прозвище за какую-то заметную черту — будь то маленький рост, шишка на лбу или беспокойный нрав.