Фамилия Шишляева — женская форма фамилии Шишляев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Шишляй. В основе лежит слово «шиш» — в древнерусском языке так называли острый предмет, кол, а также лазутчика, вора или бродягу. Однако прозвище Шишляй, скорее всего, образовано не напрямую, а с помощью уменьшительно-пренебрежительного суффикса -ляй, который часто давал именам бытовой, просторечный оттенок. То есть Шишляй — это «маленький шиш» или «сын Шиша», либо человек, напоминающий чем-то этот образ: невысокий, юркий, колючий по характеру.

Суффикс -ев в мужской форме Шишляев указывает на принадлежность: «чей?» — «Шишляев», то есть сын или потомок Шишляя. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -ай, -яй (ср. Кисляй — Кисляев, Бодряй — Бодряев). Фамилия не относится к дворянским или книжным — она бытовая, крестьянская или посадская, возникла в среде, где прозвища давали по внешности, поведению или занятию.

Географически фамилия Шишляев/Шишляева встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Тамбовской, Воронежской и Рязанской областях. Это говорит о том, что корни фамилии лежат в зоне рязанского диалекта, где слово «шиш» имело и дополнительное значение — «черт», «нечистая сила». В этом контексте Шишляй могло быть не ругательством, а охранительным именем: родители нарекали ребёнка таким прозвищем, чтобы обмануть злых духов, — считалось, что нечисть не тронет того, кто уже назван «чертёнком».

В ономастических справочниках фамилию иногда связывают с глаголом «шишлять» — делать что-то неловко, копаться, возиться. Если это так, то прозвище Шишляй получал нерасторопный или суетливый человек. Однако эта версия менее вероятна: глагол малоупотребителен и, скорее всего, сам произошёл от того же корня, что и прозвище.

Фамилия не получила широкой известности через знаменитых носителей, но это не редкость для старых русских фамилий, не попавших в дворянские родословные книги. Её ценность — в сохранении живой народной лексики, где за простым прозвищем стоит целый пласт бытовой магии, диалектных значений и социального уклада допетровской Руси.