Фамилия Шишляникова происходит от прозвища Шишляник, в основе которого лежит глагол «шишлять» - «копаться над чем-либо, мешкотно делать». Таким образом, прозвище Шишляник мог получить медлительный, нерасторопный человек. Нельзя также исключить связь этого прозвища с тюркскими словами sis – «вертел», или sislik – «пригодный для шашлыка». В этом случае прозвище Шишляник могло указывать на род занятий предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишляник, со временем получил фамилию Шишляникова.