Фамилия Шимилина хранит в основе женское имя — и это её главная особенность. Большинство русских фамилий на -ин образовано от мужских имён или прозвищ (Иван — Иванов, Кузьма — Кузьмин), но Шимилина стоит в ряду тех, что напрямую указывают на мать, а не на отца. Это так называемые «матронимические» фамилии, которые давали детям, если женщина была главой семьи, вдовой или её имя было более значимо для окружения, чем имя мужа.

Основа фамилии — женское имя Шимила. Оно звучит необычно для современного уха, но в старых русских говорах было вполне употребительным. Скорее всего, это просторечная форма канонического имени Ефимия (в быту — Ефимья, Фима, Шима). В диалектах звук «Ш» мог заменять мягкое «Ф» или «Х»: так Шимила возникала из Хима, а Хима — из Ефимия. По другой версии, имя Шимила — производное от имени Семён (Симион, Шимон), но это менее вероятно, так как женский суффикс -ила в таком случае был бы искусственным.

Суффикс -ин в фамилии Шимилина указывает на принадлежность: «дочь Шимилы» или «жена Шимилы». Со временем окончание застыло в женском роде, и фамилия не склоняется по мужскому варианту (нет формы Шимилин — она существует только как мужской вариант, но в быту встречается редко). Носительница фамилии — прямая наследница той самой Шимилы, жившей, вероятно, в северных или центральных губерниях России, где матронимические фамилии были распространены шире.

Искать корни Шимилиных стоит в старых переписных книгах Новгородской, Вологодской или Костромской земли. В этих краях женские имена в основе фамилий — не редкость, а отражение реального уклада, где женщина могла вести хозяйство и передавать свой род детям. Современная фамилия редкая, не массовая, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: каждый документ с упоминанием Шимилиных — это нить к конкретной женщине XVII–XVIII века, чьё имя не затерялось в истории.