Фамилия Шимунова — женская форма от Шимунов, и её происхождение почти наверняка связано с крестильным именем, хотя и не самым очевидным. В основе лежит имя Симон (древнееврейское «внимающий, услышанный»), которое в русской народной среде давало множество производных форм: Сима, Симка, Симоня. В некоторых говорах, особенно под влиянием аканья и местных диалектных привычек, начальное «Си» могло переходить в «Ши» — так и возникли Шимон, а затем и Шимун. Суффикс -ун в имени Шимун указывает на ласкательно-уменьшительную или просторечную форму, характерную для северных и центральных областей России.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с прозвищем Шимун от диалектного глагола «шимонить» — делать что-то не спеша, мешкать, возиться. В этом случае прозвище дали медлительному или кропотливому человеку. Однако антропонимические словари (например, работы Б. Унбегауна) указывают, что подавляющее большинство фамилий на -ов/-ев в центральной России образованы именно от канонических имён, и Шимунов здесь не исключение.

Фамилия редкая, и её география довольно узкая. Основные очаги — Ивановская, Костромская и Нижегородская области, то есть регионы, где исторически была сильна традиция бытовых вариантов церковных имён. Встречается она и в среде старообрядцев, которые часто сохраняли архаичные формы имён.

Примечательно, что фамилия Шимунов (и Шимунова) не имеет отношения к фамилии Шимановский — та образована от польской или украинской формы имени Симон (Шимон) с помощью суффикса -ский, что указывает на дворянское или шляхетское происхождение. Шимуновы же — почти наверняка крестьянский или мещанский род, где фамилия закрепилась в XV–XVII веках по отцу или деду.

Так что если вы Шимунова, ваш предок, скорее всего, звался в быту Шимуном, а в метрике — Симоном.