Фамилия Шимун — редкий случай, когда исходное имя почти не изменилось, превратившись в фамилию. В её основе лежит мужское личное имя Шимун, которое представляет собой одну из народных форм библейского имени Симеон (Шимон). В русской традиции имя Симеон давали в честь нескольких святых, и в разных говорах оно звучало по-разному: через «о» (Семён), через «и» (Симон) и с начальным «ш» — Шимон, Шимун. Последняя форма особенно характерна для западных и юго-западных земель, где сказывалось влияние польского и украинского языков (польск. Szymon, укр. Шимон).

Фамилия образована без суффикса, по так называемой «нулевой» модели: имя Шимун напрямую стало фамилией. В русской ономастике это типично для украинских, белорусских и польских фамилий (сравните: Гаврилюк, Михайленко — там суффикс, а Шимун, Микола, Павел — без него). Такая модель указывает, что предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из западнорусских земель или Речи Посполитой, где фамилии в крестьянской и мещанской среде долго не имели стандартных русских окончаний -ов/-ев.

Поскольку имя Шимун — каноническое, фамилия не указывает на конкретное ремесло или прозвище. Она говорит лишь о том, что основателя рода звали Шимуном. Встречается фамилия в основном в Беларуси, на западе Украины и в Польше, а в России — среди потомков переселенцев из этих регионов. В документах XVII–XVIII веков, например в реестрах казаков Войска Запорожского, имя Шимун фиксируется нередко, но как фамилия оно стало закрепляться позже, когда крестьянам начали массово присваивать наследственные фамилии.

С точки зрения словообразования, Шимун стоит в одном ряду с фамилиями Семён, Симонов, Шимко, Шиманович. Но отличие в том, что Шимун — это не производная форма, а сам корень. Поэтому фамилия сохранила архаичное звучание, которое сегодня может казаться необычным для русского уха, но для историка языка она — прямое свидетельство того, как на славянской почве адаптировалось древнееврейское имя.