Фамилия Шинакаева — одна из тех, что ставит исследователя в тупик с первой же буквы. В ней нет привычного славянского корня, который сразу подсказал бы ремесло или внешность предка. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть на географию и учитывать, что русский язык веками впитывал слова соседних народов.

Скорее всего, основа «Шинакай» или «Шинака» — тюркского происхождения. В кавказских и тюркских языках слово «шина» или «шын» может означать «истина», «правда», «верность». В таком случае прозвище Шинакай давали человеку честному, прямому, тому, кто держал слово. Суффикс «-аев» (а в женской форме «-аева») — русский патронимический, характерный для фамилий, образованных от тюркских имён и прозвищ. То есть Шинакаев — буквально «сын Шинакая».

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с топонимом. В Дагестане, например, есть село Шинака, и фамилия могла указывать на выходца оттуда. Но в этом случае скорее ждали бы форму Шинакский или Шинаков, а не Шинакаев. Поэтому прозвищная версия выглядит убедительнее.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в Чечне, Ингушетии и среди переселенцев с Северного Кавказа. Это подсказывает, что её носители — потомки горцев, получивших русскую фамилию при документальном оформлении в XIX–XX веках. Сословно это могли быть как свободные общинники, так и уздени — мелкопоместные дворяне у вайнахов, но точных данных по сословной принадлежности нет.

В современном русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное: Шинакаева, Шинакаевой и так далее. Ударение, судя по произношению носителей, падает на второй слог — ШинАкаева.