Фамилия Шиничева — женская форма фамилии Шиничев, а её основа кроется в прозвище или имени, которое в бытовой русской речи звучало как «Шиня». Это сокращение от крестильного имени Шио или Шионий, которое встречается в святцах и имеет грузинское происхождение (святой Шио Мгвимский, почитаемый и в русской православной традиции). Имя было редким, поэтому и фамилия Шиничев не принадлежит к числу распространённых.

Суффикс «-ичев» указывает на патронимическую модель образования: в основе лежит отчество от имени Шиня через притяжательное прилагательное «Шинич» — «сын Шини». Форма «-ичев» характерна для северных и центральных регионов России, особенно для новгородских и псковских земель, где суффикс «-ич» в отчествах закрепился раньше, чем в остальной Руси. В отличие от массовых «-ов» и «-ев», фамилии на «-ичев» сохранили более архаичную словообразовательную структуру.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище Шиня могли дать человеку с какой-то приметной чертой — например, от диалектного глагола «шинить» (в некоторых говорах — «шипеть», «издавать шипящий звук») или от слова «шина» в значении «обруч», «оковка». Но связь с редким календарным именем выглядит убедительнее: ономасты отмечают, что фамилии с основой «Шин-» в русском ономастиконе чаще всего восходят именно к сокращённым формам крестильных имён.

Встречаемость фамилии Шиничева — точечная, без ярко выраженного «гнезда» в одном регионе. Носители рассеяны по Центральной России и Поволжью, что типично для фамилий, образованных от редких имён: они не дали массового потомства в одном уезде, а разошлись по стране вместе с отдельными семьями. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с таким окончанием почти не встречаются.