Фамилия Шипиляева — женская форма, мужской вариант — Шипиляев. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шипиляй. Чтобы понять его значение, нужно разобраться с корнем «шип-». Самое очевидное — связь с колющим предметом: шипом, иглой, занозой. В русских говорах «шипеть» могло означать не только издавать шипящий звук, но и злиться, ворчать. Соответственно, Шипиляем могли прозвать человека язвительного, колкого на язык или же просто сварливого, недовольного.

Есть и другая, более редкая версия. В некоторых диалектах «шипилявый» — это тот, кто шепелявит, не выговаривает шипящие звуки. Прозвище могло закрепиться за человеком с такой особенностью речи. В этом случае фамилия Шипиляев оказывается в одном смысловом ряду с фамилиями Шепелев, Шепеляев, Картавцев — все они образованы от речевых недостатков.

С точки зрения словообразования, фамилия редкая. Суффикс -яй (-ай) в русских прозвищах часто придавал слову оттенок просторечия или пренебрежения (сравните: Вертяй, Болтай, Гуляй). Модель «основа глагола + -яй» типична для прозвищ по действию или характеру. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей центральной России, но точной географической привязки у неё нет — Шипиляевы встречаются и в Поволжье, и на Урале.

Интересно, что у фамилии есть омонимичный топоним: деревня Шипиляево есть в Смоленской области. Вполне возможно, что название деревни произошло от той же прозвищной основы, а фамилия некоторых носителей — от названия места жительства. Таким образом, Шипиляев мог быть как «сыном Шипиляя», так и выходцем из Шипиляева. Обе версии имеют право на существование, но первая — по прозвищу — выглядит более вероятной и древней.