Фамилия Шипнова — женская форма, а её мужской вариант Шипнов. В основе, скорее всего, лежит не колючее растение, а прозвище или профессия. Разбор фамилии упирается в слово «шип» — но не в ботаническом смысле, а в старом, ремесленном. В русских говорах «шипом» называли не только остриё, но и деталь ткацкого станка, гребень для чесания льна или даже острый носок обуви. Человек, делавший такие детали или работавший с ними, мог получить прозвище Шип.

Модель образования простая: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»). Шипнов — буквально «сын Шипна». Но если бы прозвище было Шип, фамилия звучала бы как Шипов. Форма Шипнов говорит о том, что исходное прозвище звучало как Шипной или Шипный — человек, связанный с шипами. Встречается и вариант Шипнев, где основа — «шипень» (тот, кто шипит, или производное от того же корня), но для Шипнова это маловероятно.

Географически фамилия редкая, встречается в Поволжье и на Урале, но без массового скопления. Это не дворянская фамилия: суффикс -ов типичен для крестьянских и мещанских родов центральной России, оформившихся к XVII–XIX векам. Родственные фамилии — Шипов, Шипков, Шипулин — все от одного корня, но с разными суффиксами, что указывает на разные прозвищные формы в разных регионах.

Если отбросить версию с растением (она слишком прямолинейна и не объясняет суффикс -н-), то предок Шипновых был либо ремесленником, работавшим с шипами (столяр, сапожник, ткач), либо человеком с острым, «колючим» характером. Второе встречается реже: прозвища по характеру обычно более образные. Так что рабочая версия — прозвище по занятию, а не по черте характера.