Фамилия Ширефина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд её основа напоминает слово «шир» или «шире», но на самом деле корень, скорее всего, не русский, а заимствованный. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ширефин, то есть «сын или потомок Ширефы». Женская форма Ширефина закрепилась за носительницей по отцу или мужу.

Самая вероятная версия — что в основе лежит арабское или тюркское имя Шариф (или Шериф), означающее «благородный», «достойный», «знатный». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имя Шариф было распространено, а при переходе в русскую среду оно могло измениться до формы Ширефа. Фонетически это объяснимо: гласный «а» под влиянием мягкого «ш» и последующего «р» перешёл в «и», а конечный «ф» вместо «в» — возможный след диалектного произношения или фиксации фамилии в документах «на слух». Менее вероятна, но допустима связь с персидским «шир» (лев) — в этом случае фамилия могла бы означать «львиный», «храбрый», но такая версия слабее, поскольку прозвища с прямым значением «лев» в русской среде обычно передавались иначе (Львов).

Географически фамилия Ширефина встречается в основном в Поволжье, особенно в Татарстане и Башкортостане, а также в некоторых регионах Урала. Это подтверждает её тюркские корни. Носители фамилии, скорее всего, происходят из татарских или башкирских крестьянских родов, которые после принятия православия или при переписи населения получили фамилию по имени предка. Сословно это были, как правило, государственные крестьяне или мещане — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Ударение в фамилии, по правилам русской орфоэпии, падает на второй слог: Шире́фина. Однако в семейном обиходе возможны варианты, особенно если фамилия долго бытовала в иноязычной среде. Сравнение с однокоренными фамилиями — Шарифов, Шарипов, Шерифов — показывает, что Ширефина стоит особняком: она прошла более глубокую фонетическую переработку, что делает её уникальным свидетельством языкового контакта между тюркским и русским миром.