Фамилия Ширпакова — женская форма фамилии Ширпаков, и её разумнее всего рассматривать через мужской вариант. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть исходно фамилия означала «сын Ширпака» или «человек из семьи Ширпака». Основа — прозвище или нецерковное имя Ширпак.

Корень «ширп-» в русских говорах имеет несколько значений, и самое вероятное связано с глаголом «ширпать» — в диалектах Псковской, Тверской и Новгородской областей это слово означало «царапать», «скрести», «драть». Ширпаком могли назвать человека с грубым, въедливым характером, того, кто постоянно «цепляется» к другим, или же, напротив, мастера, который обрабатывал что-то скребком (например, кожевника или плотника). Менее распространённая версия связывает основу с «ширкать» — «шаркать ногами», так что прозвище могло относиться к человеку с тяжёлой походкой.

Фамилия Ширпаков (и Ширпакова) редкая и географически привязана в основном к северо-западу России — Псковской, Новгородской областям, а также к Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XVIII веках. В ономастических словарях, например у Б. Унбегауна или В. Никонова, эта фамилия не фигурирует как часто встречающаяся, что подтверждает её локальный характер и, скорее всего, позднее оформление — не раньше XVI–XVII веков, когда прозвища начали массово закрепляться в качестве наследственных фамилий.

Отсутствие фамилии в дворянских родословных книгах и списках служилых людей указывает на крестьянское или посадское происхождение. Предки Ширпаковых могли быть ремесленниками или землепашцами, получившими прозвище по внешней черте или манере поведения. Интересно, что в некоторых говорах «ширпак» — это ещё и название птицы, возможно, коростеля или дергача, что добавляет ещё одну, хотя и менее надёжную, версию: прозвище могли дать за голос или повадки.

Таким образом, фамилия Ширпакова восходит к прозвищу Ширпак, которое, скорее всего, описывало характер или занятие человека, и закрепилась в ограниченном регионе, что делает её ярким примером местной русской антропонимии.