Фамилия Шишельбек — редкий случай для русского ономастикона: её основа явно не славянская, а немецкая или еврейская (ашкеназская). В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, здесь читается корень, восходящий к немецкому слову «Schüssel» — миска, чаша, или к диалектному «Schissel» (та же тарелка). Вторая часть «-бек» — это стандартный немецкий суффикс, который в фамилиях часто означал «пекарь» (Bäcker). Таким образом, буквально Шишельбек — это «мисочный пекарь» или «пекарь, делающий миски», то есть гончар, изготавливающий посуду, или булочник, выпекавший хлеб в форме мисок.

Однако есть и вторая, более прозаичная версия. «Шишель» могло быть искажённым вариантом еврейской фамилии Шишель (от личного имени Шиша, уменьшительного от Иешаягу — Исайя). В таком случае суффикс «-бек» — это типичный для немецкоязычных евреев элемент, обозначающий принадлежность (как в фамилиях Гольдберг, Розенберг). То есть Шишельбек — «сын Шишеля». Эта версия правдоподобнее, потому что фамилии с «-бек» у евреев встречаются чаще, чем у этнических немцев, и они редко связаны с ремёслами напрямую.

Географически фамилия могла возникнуть на территории бывшей Австро-Венгрии или Пруссии (современные Польша, Украина, Беларусь), откуда носители могли переселиться в Российскую империю. В русских документах XVIII–XIX веков написание колебалось: Шишельбек, Шишельбекк, а иногда и Шишельбех — из-за особенностей записи немецких фамилий на слух.

Особенность этой фамилии — её полная нехарактерность для исконно русского словообразования. Она не склоняется по падежам как типичная славянская (Шишельбек, Шишельбеку), а её носители, скорее всего, были либо ремесленниками-гончарами, либо потомками еврейских переселенцев, получивших фамилию по отчеству. В любом случае, это не крестьянская и не дворянская фамилия, а городская — из среды мелких торговцев и мастеровых.