Фамилия Шишелин образована от прозвища Шишеля. Скорее всего, оно восходит к глаголу «шишлять». Даля «шишлять» определяется как «копаться, мешкать». Соответственно, прозвище Шишеля мог получить медлительный, нерасторопный человек. Однокоренные прозвища и фамилии встречаются в исторических документах XV-XVI вв.: Шешел, крестьянин, конец XV в., Новгород; Шишел Елизаров, крестьянин, Новгород; Шишляй Омельянов, сотский, 1558 г. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишеля, со временем получил фамилию Шишелин.