Фамилия Шишелев — один из тех случаев, где прозвище перешло в фамилию почти без изменений, и её основа прозрачна: «шиш» или «шишка». Но за этим простым корнем стоит не одна, а как минимум три версии происхождения, и каждая по-своему объясняет, кем мог быть первый носитель.

Самая прямая и распространённая версия — от слова «шиш» в значении «острый предмет», «колючка», «шип». В русских говорах «шишом» называли также небольшой холмик, бугорок или даже лесного духа (шишигу). Прозвище Шиш мог получить человек с торчащими волосами, с колючим характером или невысокого роста, но плотного сложения — похожий на шишку. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Шишелев — буквально «сын Шишеля» (где Шишель — уменьшительно-усилительная форма от Шиш, как «кошель» от «кош»). Такая модель образования (с суффиксом -ель) встречается в русских фамилиях реже, чем стандартные -ов/-ев, и придаёт основе разговорный, даже немного пренебрежительный оттенок.

Вторая версия связывает фамилию с ремеслом. В диалектах «шишель» — это мастер, который делал шиши, то есть наконечники для стрел или острые детали для инструментов. Если предок был кузнецом или оружейником, специализировавшимся на мелких острых изделиях, его могли прозвать по роду занятий. В этом случае фамилия Шишелев — профессиональная, как Кузнецов или Плотников, но с более узкой специализацией.

Третья, менее очевидная гипотеза — от слова «шишка» в переносном значении «важное лицо», «начальник». Хотя в современном языке «шишка» — ироничное обозначение начальника, в старину это прозвище могло даваться человеку влиятельному или заметному в общине. Однако против этой версии говорит то, что фамилии от таких прозвищ обычно образуются с суффиксом -ин (Шишкин), а -ев здесь указывает на основу «шиш», а не «шишк».

Географически фамилия Шишелев встречается преимущественно в центральных и северных регионах России: в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает связь с северными говорами, где слово «шиш» было особенно употребительно. В документах XVII–XVIII веков крестьяне и посадские люди с таким прозвищем встречаются в переписных книгах Устюга Великого и Тотьмы.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не даёт отдельного разбора фамилии Шишелев, но относит её к типичным для русской антропонимии прозвищным фамилиям от названий предметов. Сравнение с однокоренными фамилиями — Шишов, Шишаев, Шишкин — показывает, что Шишелев стоит особняком из-за редкого суффикса -ель, который мог возникнуть как вариант прозвища в конкретной местности или диалекте.