Фамилия Шишенков образована от прозвища Шиша. По одной из версий, оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного, которое в пермских говорах имело значение «бедный люд». Вероятно, прозвище Шиша отражало социальное и материальное положение основателя фамилии (небогатый человек). В таком случае прозвище Шиша содержало указание либо на особенности места жительства предка (на возвышенности), либо на род его деятельности (крестьянин-земледелец или сенокосец). Соответственно, Шишей могли прозвать медлительного, нерасторопного человека. Со временем, вероятно, род Шишенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шиша, со временем получил фамилию Шишенков.