Фамилия Шишенёв — редкий случай, когда угадать её происхождение почти невозможно без словаря. На слух она кажется производной от «шишка», но если присмотреться к суффиксу, картина меняется. В русских фамилиях суффикс -енёв (под ударением) встречается нечасто и обычно указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или шипящий. Здесь корень — Шишен-, и это не «шишка», а устаревшее слово.

В основе лежит древнерусское прозвище Шишень (или Шишонь). В диалектах, особенно в северных и вятских говорах, «шишень» означало нечто вроде «ерш», «шиш» — то есть либо задиристого, колючего человека по характеру, либо того, кто ходит «шишом», всклокоченным. Встречалось и значение «бродяга», «непоседа». Прозвище могло закрепиться за человеком с торчащими вихрами или за тем, кого считали сварливым и неуживчивым. Форма Шишенёв — это притяжательное прилагательное: «чей?» — Шишенёв, то есть сын или потомок Шишеня.

Есть и вторая, менее вероятная версия, которую приводят некоторые ономасты. В псковских и тверских говорах «шишень» — это черт, бес. Прозвище могли дать в качестве оберега: чтобы злые силы не тронули, человека называли «нечистым» именем. Но эта гипотеза слабее, потому что фамилия Шишенёв распространена не в этих регионах, а в основном на Вятке и в Поволжье, где бытовое значение «ершистый» было куда популярнее.

Фамилия не дворянская и не старинная боярская — типичная крестьянская или посадская, образованная по модели, характерной для XVI–XVII веков. Интересно, что ударение в фамилии плавающее: в одних семьях говорят Ши́шенев, в других — Шишене́в. Оба варианта допустимы, но исторически правильнее ударение на последний слог, поскольку суффикс -енёв всегда был ударным при образовании от прозвищ на -ень.

Если искать родственников по корню, то однокоренные фамилии — Шишенин, Шишанов, Шишков. Но Шишенёв стоит особняком: из-за редкого суффикса она легко опознаётся как фамилия, возникшая именно от прозвища, а не от имени или профессии.