Фамилия Шишенина — женская форма фамилии Шишенин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шиш, которое было широко распространено в древнерусской среде. Слово «шиш» в старину имело несколько значений. Самое прямое — «острый верх, шишка, нарост»; отсюда же «шишка» в значении «важный человек». Но в народной речи «шишом» называли также вора, мошенника или бродягу (вспомните «шиш» как эвфемизм чёрта). Ещё одно значение — «лазутчик, разведчик», особенно в казачьей среде.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шишенин, то есть сын Шиши. Суффикс -ен- в данном случае — не уменьшительный, а вариант основы, появившийся из-за склонения: от имени Шиша форма притяжательного прилагательного звучала как «Шишин», но под влиянием диалектов или фамилий на -енин (типа «боярин» → «бояринов») могла закрепиться форма Шишенин. Впрочем, возможен и более простой путь: от прозвища Шишеня — уменьшительной формы от Шиша.

Географически фамилия Шишенин встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Кировской областях. Это указывает на возможную связь с северными говорами, где слово «шиш» могло иметь специфические оттенки. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна модель на -ин для прозвищ на согласный (Шиш → Шишин) считается основной, но вариант Шишенин встречается реже и может отражать местную особенность произношения или письменной фиксации в переписных книгах.

Таким образом, предок носительницы фамилии Шишенина мог быть человеком с заметной внешностью (острый, как шишка), либо иметь непростой характер или ремесло, связанное с риском (лазутчик, вор). Однозначно сказать, какое из значений легло в основу, нельзя — прозвища часто давались иронично, и «шиш» могло быть насмешливым именем для бойкого или невысокого человека.