Фамилия Шишеня звучит редко, но её разгадка лежит на поверхности. В основе лежит общеславянское слово «шишка» — в прямом смысле (сосновая или еловая) или в переносном. На Руси «шишкой» называли не только лесной плод, но и человека важного, заметного, «шишку на ровном месте», а также — что важно для понимания фамилии — того, кто сбивал шишки с деревьев, то есть занимался заготовкой орехов или шишек для топки (в некоторых говорах шишками топили печи). Однако у слова было и другое, менее известное значение: «шиш» — вор, бродяга, а в южнорусских и украинских диалектах «шишка» могла означать опухоль, нарост, и прозвище давали человеку с заметной внешней особенностью.

Суффикс -еня типичен для западнорусских, белорусских и украинских фамилий. Он указывает на происхождение от прозвища или имени, отвечая на вопрос «чей?» или «какой?». Шишеня — буквально «сын или потомок Шишки», то есть человека с прозвищем Шишка. Такая модель образования (основа + -еня) встречается у фамилий вроде Коваленя, Гриценя, и она старше, чем массовые дворянские фамилии на -ов/-ев. Это говорит о том, что фамилия Шишеня сложилась в крестьянской или казацкой среде, где прозвища передавались по наследству без изменений.

Географически фамилия тяготеет к Брянской, Смоленской областям России, а также к восточной Беларуси и Черниговщине. В этих краях слово «шишка» в значении «важный человек» и суффикс -еня одинаково употребимы. Встречаются и варианты написания: Шишенёв (обрусевшая форма с русским суффиксом) или Шишоня (с окающим произношением). Если ваш предок был Шишеня, он скорее всего происходил из семьи, где главу звали Шишкой — либо за дородность и властность, либо за ремесло сборщика шишек, либо за необычную внешность. Точнее сказать трудно, но ясно одно: фамилия не книжная и не искусственная, а живая, из народной речи.