Фамилия Шишея — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, сохранив исходную форму. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами так называемая непроизводная, или «окаменевшая», фамилия. Такие фамилии чаще всего встречаются на Украине и в южных областях России, где прозвища нередко переходили в фамилии напрямую, без дополнительного оформления.

Основа фамилии — слово «шишея». В русских говорах так называли человека с шишкой, наростом на теле или с необычной, выпуклой головой. Однако у слова есть и переносное, социальное значение. В некоторых диалектах «шишея» — это задира, забияка или, наоборот, шишка, то есть важный, влиятельный человек. В словаре Владимира Даля «шиша» — это также бродяга или вор, что добавляет прозвищу неоднозначный оттенок. Таким образом, предок-родоначальник мог получить прозвище либо по внешнему признаку, либо по характеру и положению в обществе.

Словообразовательная модель здесь проста: корень «шиш-» (от общеславянского *šišьka — шишка, выпуклость) и суффикс -еj-, который в украинском и белорусском языках часто образует прозвища (сравните: «бродяга» — «бродячей», «гуляка» — «гуляшей»). Фамилия Шишея — типичный пример южнорусской или украинской ономастической традиции, где прозвище закреплялось в именительном падеже единственного числа и передавалось по наследству без изменений.

Географически фамилия встречается в основном на территории исторической Слобожанщины (современные Харьковская, Сумская области Украины, Белгородская и Курская области России). В дореволюционных метрических книгах носители фамилии Шишея значатся в основном среди казаков и государственных крестьян. Это объяснимо: в среде казачества и крестьянства прозвища были особенно живучи, а фамилии в современном понимании закрепились позже, чем у дворянства.

Интересно, что фамилия Шишея не имеет отношения к слову «шишка» в значении «руководитель» — это более позднее, советское переосмысление. В XIX веке «шишея» скорее указывала на физическую особенность или вздорный нрав. Если ваш предок носил эту фамилию, он, вероятно, был заметным человеком в своей общине — либо из-за внешности, либо из-за крутого нрава.