Фамилия Шишера — редкий пример, где основа говорит сама за себя, но при этом ставит исследователя в тупик. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский, а значит, перед нами не отчество и не притяжательное прилагательное. Скорее всего, это застывшее прозвище, которое перешло в фамилию без изменений. Такое случалось в среде крестьян и казачества, особенно до массовой паспортизации, когда человека могли записать просто по уличному прозвищу.

Что означало слово «шишера»? В русских говорах у него два основных значения. Первое — «шишка», «нарост», «бугор». Так могли прозвать человека с заметной внешностью: низкорослого, коренастого, с шишковатой головой или просто сутулого. Второе значение — «мелкий бес», «чертёнок», «кикимора». В народной демонологии шишерами называли нечистую силу, живущую в болотах и оврагах. Прозвище могли дать озорному, вертлявому, «бесоватому» ребёнку или взрослому с неугомонным характером.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ер- (сравните: шиш-ка — шиш-ер-а) указывает на деятеля или носителя признака. Это не просто «шишка», а «тот, кто шишка», «шишковатый». В ономастике такие прозвища относят к группе «демонических»: Шиш, Шишига, Шишмара. Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий отмечает, что фамилии от названий нечистой силы нередко давали в качестве оберега — чтобы злые духи не трогали ребёнка, думая, что он «свой».

Географически фамилия Шишера встречается редко и локально. Основные очаги — южные регионы России (Волгоградская, Ростовская области) и Северный Кавказ. Встречается среди донских казаков, где прозвища часто становились фамилиями без суффиксов. В центральных и северных губерниях фамилия почти не фиксируется.

Споров вокруг происхождения немного. Версия о связи с «шишкой» (внешний признак) выглядит бытовой и правдоподобной. Версия о «бесе» — более поэтичная, но тоже имеет право на жизнь, особенно в контексте старых поверий. Связывать фамилию с географическим названием (например, река Шишера в Карелии) маловероятно — носители фамилии живут далеко от тех мест, а карельское название имеет финно-угорские корни, не связанные с русским словом.

Таким образом, предки человека с фамилией Шишера — скорее всего, южнорусские крестьяне или казаки, получившие прозвище за внешность или характер. Фамилия сохранила архаичную форму и редкую основу, что делает её ценной для историков языка.