Фамилия Шишкипышкина — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, а звукоподражательный игровой повтор. Скорее всего, её образовали от шуточного прозвища «Шишкипышка»: человек мог получить его за манеру речи, забавную привычку или просто как дразнилку в детстве. В русской традиции такие удвоенные основы с рифмой (ср. «шах-мах», «фигли-мигли») иногда закреплялись за людьми, но фамилией становились крайне редко.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шишкипышкин, то есть потомок того, кого звали Шишкипышка. Форма Шишкипышкина — женский вариант, образованный по той же модели. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу, -ин мог указывать и на прозвище матери, но в данном случае это маловероятно: основа слишком специфична.

Первая часть «шишк-» может отсылать к слову «шишка» — в прямом смысле (сосновая шишка) или переносном (шишка на лбу, важный человек). Вторая часть «пышк-» — к «пышка» (пышный, толстый) или глаголу «пышкать» (тяжело дышать). Сочетание двух корней в одной фамилии — редкость; обычно такие «дуплеты» возникали в устной речи как шутливые прозвища и почти не фиксировались в документах.

Географию фамилии проследить сложно: в дореволюционных переписях и современных базах она встречается единично. Вероятно, её носители — выходцы из одного села или даже одной семьи, где прозвище закрепилось настолько, что перешло в официальную фамилию. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянских родах такие «несерьёзные» основы не приживались.

Учитывая редкость, можно предположить, что фамилия Шишкипышкина — не результат случайной описки писаря, а сознательное сохранение яркого прозвища. В этом смысле она ценна как живой пример народной словесной игры, которая стала фамилией вопреки всем правилам ономастики.