Фамилия Шишлонова — довольно редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. Её основа, «шишл-», не встречается в современных словарях русского языка, что сразу указывает на диалектное, профессиональное или иноязычное происхождение прозвища. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе добавился суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шишлона), а затем — женское окончание -а, так как перед нами форма женского рода. Мужской вариант фамилии — Шишлонов.

Вероятнее всего, в основе лежит прозвище Шишлона. В русских говорах слово «шиш» имело несколько значений: от «острый предмет», «вершина», «шишка» до «бродяга», «плут» и даже «чёрт» (отсюда «шиш» как нечистая сила). Суффикс -л- в прозвищах часто указывал на деятеля или носителя признака (ср. «гуляла», «зубрила»). Таким образом, Шишлона — это человек, которого характеризовали через слово «шиш»: возможно, острый на язык, пронырливый, невысокий и коренастый (как шишка) или же тот, кто промышлял мелким воровством. Менее вероятна связь с диалектным «шишло» — якобы орудие для чего-либо, но такие значения не зафиксированы в авторитетных источниках.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где слово «шиш» в значении «плут» или «острый предмет» было особенно употребительно. Встречается она и в Поволжье, что может указывать на переселенческие потоки. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвища с яркой отрицательной или ироничной окраской в дворянской среде приживались редко.

В написании фамилии возможна вариативность: двойное «н» могло появиться под влиянием фамилий на -онов (типа Платонов, Леонов), хотя исходная основа «Шишлон» — с одной «н». Путаница с суффиксами — частая история для редких фамилий, когда устная традиция расходилась с письменной фиксацией в метриках.