Фамилия Шишмаков образована от прозвища Шишмак. Оно восходит к диалектному «шишмак» - «грыжа, шишка». Такое прозвище могли дать больному человеку. В данном случае, надеясь иметь здорового и красивого мальчика, родители назвали его Шишмаком. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишмак, со временем получил фамилию Шишмаков.