Фамилия Шишмакова образована от прозвища Шишмак. Оно восходит к диалектному нарицательному «шишмак» - «грыжа, шишка». Такое прозвище мог получить больной человек. Однако возможно и то, что именование Шишмак выполняло «охранительную» функцию - использовалось в качестве оберега. Так, желая иметь здорово ребёнка, родители назвали его Шишмаком. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишмак, со временем получил фамилию Шишмакова.