Фамилия Шишмонян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян (в старой орфографии -янц). В армянском языке этот суффикс означает «принадлежащий к роду» или «потомок», поэтому фамилия Шишмонян буквально переводится как «из рода Шишмона» или «потомок Шишмона». Основа фамилии — мужское личное имя Шишмон.

Имя Шишмон — это армянская форма библейского имени Симеон (Шимон). В русской традиции это имя известно как Семён. Таким образом, фамилия Шишмонян по своему происхождению — полный аналог русских фамилий Семёнов, Семёновых или украинской Семененко. Она указывает на то, что предок носителя фамилии носил имя Шишмон.

Фонетическая особенность — замена начального «с» на «ш» — характерна для ряда армянских говоров и для некоторых других языков региона. Это не ошибка, а закономерный звуковой переход. Встречается и вариант Шишмонянц — с сохранением древнего окончания родительного падежа множественного числа, что указывает на более старую форму фамилии.

Географически фамилия Шишмонян тяготеет к исторической Западной Армении (территория современной восточной Турции). Носители фамилии встречаются в диаспорах Ближнего Востока и в Армении. Сословного значения фамилия не несёт: её могли получить и крестьяне, и ремесленники, и священники. Единственное, что можно сказать о предках Шишмонянов — они были христианами, поскольку имя Симеон (Шишмон) — каноническое библейское.