Основой фамилии Шишобарова послужило мирское имя Шишобар. Мирское имя Шишобар восходит к диалектному нарицательному «шишобар», которое в вологодских говорах имеет значение «репейник», то есть «растение с колючими цепкими соцветиями или плодами; лопух». Давая младенцу такое имя, как Шишобар, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. Возможно также, что в основе фамилии Шишобарова лежит не мирское имя, а прозвище Шишобар – так могли окрестить цепкого, хваткого (как репей) человека. В старинных документах известен Гаранька Дмитреев сын Шишобаров, солдат. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишобар, со временем получил фамилию Шишобарова.