Основой фамилии Шишебарова послужило мирское имя Шишебар. Мирское имя Шишебар восходит к диалектному нарицательному «шишобар», которое в вологодских говорах имеет значение «репейник», то есть «растение с колючими цепкими соцветиями или плодами; лопух». Давая младенцу такое имя, как Шишебар, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это растение. Возможно также, что в основе фамилии Шишебарова лежит не мирское имя, а прозвище Шишебар – так могли окрестить цепкого, хваткого (как репей) человека. В старинных документах известен Гаранька Дмитреев сын Шишебаров, солдат. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишебар, со временем получил фамилию Шишебаров.