Фамилия Шистеева — женская форма, мужская — Шистеев. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «основа + -ев». Суффикс -ев, а не -ов, указывает, что в основе лежит слово или имя, оканчивающееся на мягкий согласный или на -й.

Корень — «шист-». Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Шист. В русских говорах, особенно северных и сибирских, словом «шист» называли мелкую щепу, стружку, мусор, а также сорную траву. Прозвище Шист могли дать человеку неопрятному, неаккуратному, «замухрышке». Второй вариант — прозвище по ремеслу: тот, кто работал с деревом, строгал, оставляя после себя много щепы, или, напротив, тот, кто убирал этот мусор, например, на лесопилке или в плотницкой артели.

Менее распространённая гипотеза связывает основу с диалектным глаголом «шистать» — быстро идти, бежать, суетиться. В таком случае Шистом могли прозвать непоседу, торопыгу. В ономастике известна фамилия Шистов, и Шистеев — её вариант, возникший из-за мягкого произношения в некоторых говорах: «Шисть» вместо «Шист».

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в Поволжье и на Урале. Сословного барьера у неё не было: прозвище могли закрепить и за крестьянином, и за посадским человеком. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда фамилии массово закреплялись за бывшими государственными крестьянами.