Фамилия Шистко — редкий случай, когда написание говорит о произношении больше, чем о происхождении. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, записанная на слух: звук [ш] перед [и] смягчился, но на письме это не отразили. Встречается она преимущественно на западе Украины, в частности на Волыни, и в юго-западных районах Беларуси — там, где говор с его «аканьем» и смягчением согласных мог превратить, например, «Шостко» в «Шистко».

Основа фамилии — числительное «шесть». Суффикс -к- в славянских фамилиях часто указывает на прозвище: Шистко — это «шестой», то есть либо шестой ребёнок в семье, либо человек, появившийся на свет шестым по счёту. В крестьянской среде, где детей рождалось много, такие прозвища-номера были естественным способом различать людей: Первак, Другой, Третьяк, Шестак. Шистко — это та же модель, что и Шестак, но с уменьшительным суффиксальным оформлением, характерным для украинской и белорусской антропонимии.

Суффикс -ко (в исходной форме — -к- с окончанием -о) типичен для украинских фамилий на -ко: Шевченко, Бойко, Ковалько. В белорусском языке эта модель тоже распространена, но там чаще встречается окончание -а (Шыстка). Шистко, таким образом, органично вписывается в восточнославянскую ономастику, но именно украинский вариант с конечным -о — самый вероятный.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шистать» (быстро двигаться, шуметь, хлестать). В некоторых говорах так называли непоседливого, бойкого человека. Однако числовая версия надёжнее: она опирается на устойчивый пласт прозвищ-числительных, которые давали по порядку рождения, и не требует привлечения редкой лексики.

Писали фамилию по-разному: в метрических книгах XIX века встречаются варианты Шистко, Шыстко, даже Шестко. Но современное написание закрепилось как Шистко — с «и» в корне, что отражает реальное произношение в тех регионах, где фамилия бытует.