Фамилия Шкарапуд — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не превратившись в привычное «Шкарапудов» или «Шкарапудин». Она относится к так называемым «семейным» фамилиям, которые закрепились за родом напрямую, без патронимического суффикса. Такая модель характерна для украинских и белорусских земель, а также для южнорусских областей, где фамилии на -о, -а или чистую основу встречаются чаще, чем на севере.

Основа фамилии — слово «шкарапуд». В южнорусских и украинских говорах так называли человека неопрятного, неряшливого, небрежного в одежде. Глагол «шкарапудиться» означал «ершиться, топорщиться, быть взлохмаченным», а прилагательное «шкарапудный» — «шершавый, неровный, с торчащими в разные стороны волосами или нитками». Таким образом, прозвище могло относиться к внешнему виду: человек с вечно растрёпанными волосами, в сбитой, неопрятной одежде.

Вторая, менее распространённая версия связывает слово с диалектным «шкарапка» — царапина, заноза. В этом случае Шкарапудом могли назвать придирчивого, колючего человека, который «цепляется» к мелочам, или, наоборот, того, кто легко получает ссадины и царапины по неосторожности. Эта гипотеза слабее, поскольку не объясняет суффикс -уд-, который указывает на длительное свойство или состояние (ср. паскудный, паскудник).

Суффикс -уд- в русских прозвищах встречается редко и придаёт слову оттенок постоянного, укоренившегося качества. Шкарапуд — не тот, кто иногда бывает неряшлив, а человек, для которого неряшливость стала характерной чертой. В украинском языке этот суффикс встречается чаще, что вместе с бессуффиксной моделью фамилии указывает на вероятное западнорусское или малороссийское происхождение рода.

Встречаются варианты написания Шкаропуд и Шкарапут. Первый — результат аканья, когда безударное «о» перешло в «а», второй — упрощение конечного согласного. Фамилия остаётся очень редкой: по данным открытых источников, её носители живут в основном в Белгородской и Воронежской областях, а также на востоке Украины — в зоне исторического расселения слобожан.