Фамилия Шкарута — один из тех случаев, когда суффикс сразу выдаёт географию. Формант -ута характерен для украинской и белорусской ономастики, особенно для западноукраинских земель (Волынь, Галичина) и юга Беларуси. В русской фамильной системе такой суффикс встречается редко, поэтому носители Шкарута с высокой вероятностью имеют предков из этих регионов.

Основа фамилии — прозвище Шкарута. В его корне лежит украинское слово «шкаруба» (или «шкарба») — рубец, шрам, царапина, трещина. Человека могли так прозвать по внешнему признаку: например, за заметный шрам на лице или грубую, потрескавшуюся кожу рук. В переносном смысле «шкарутою» могли назвать неуживчивого, «колючего» человека — того, кто легко задевает других. Слово «шкарубнути» в украинских говорах означает «заскорузнуть, загрубеть», что тоже могло относиться к характеру или образу жизни.

Вариант с чередованием б/т (шкаруба → шкарута) — не редкость для народной речи: так звукоподражательная или описательная основа могла упроститься при произношении. Встречается и форма Шкаруб, Шкаруба, но Шкарута — именно с тем суффиксом, который указывает на лицо мужского пола (по модели «голота», «сирота»). То есть фамилия не «сын Шкаруты», а сам носитель прозвища.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или казацкая. В реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища с похожей корневой базой, но конкретно фамилия Шкарута не относится к числу древних дворянских — она бытовала в среде простых людей, где прозвище закреплялось за одним родом и передавалось по наследству.

В написании фамилии возможны колебания: Шкорута (под влиянием аканья) или Шкарут. Но каноническая форма — Шкарута — сохраняет ударение на последнем слоге, что типично для украинских фамилий на -ута.