Фамилия Шарута — один из тех случаев, когда попытка найти единственное «правильное» объяснение упирается в спорную основу. Самое правдоподобное объяснение ведёт к украинскому или белорусскому корню «шар» — в значении «цвет», «краска» или «масть». В диалектах «шарувати» означало «красить», «натирать», а «шарунок» — «покраска», «мазь». Тогда прозвище Шарута мог получить либо маляр, либо человек, который занимался окраской тканей или кож. Суффикс -ута в восточнославянских фамилиях встречается редко, но он характерен именно для украинской и польской ономастики (сравните: Кривута, Хлопута). Он придаёт основе оттенок прозвища, а не патронимического образования, как обычные -енко или -ук.

Вторая гипотеза, менее вероятная, выводит фамилию из личного имени Шар (сокращение от Шарий, которое в свою очередь — производное от имени Шарко, одного из вариантов имени Серафим или Шарль). В этом случае Шарута — «маленький Шар» или «сын Шара», но такая модель образования (суффикс -ута от полного имени) нехарактерна для славянского именослова, поэтому версия с прозвищем маляра выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шарута тяготеет к западу: чаще всего она встречается на Украине (особенно в Волынской и Ровенской областях) и в юго-западной Беларуси. В России носители редки, что подтверждает её локальное происхождение. Среди однокоренных — Шарун, Шаруха, Шарунко, Шаровский. Но Шарута выделяется именно необычным суффиксом: он не даёт фамилии стать «общей» вроде Шарова, а сохраняет оттенок личного, почти уличного прозвища. Вероятно, предок носителя фамилии был не просто ремесленником, а человеком, чья профессия или внешность (например, «шар» — яркий, пёстрый) бросалась в глаза окружающим.