Фамилия Шкетун — редкий случай, когда основа слова сразу подсказывает и характер, и внешность предка. В русских говорах, особенно псковских и тверских, «шкет» — это мальчишка, подросток, а часто и мелкий, щуплый парень. Суффикс -ун в этой модели работает как усилитель действия или признака: он превращает «шкета» в «шкетуна» — того, кто вечно шалит, вертится под ногами или просто мал ростом. В отличие от фамилий на -ов (Шкетов), которые указывают на родство («чей?»), форма Шкетун сохранила почти дословное прозвище — так человека окликали в деревне.

География фамилии подтверждает северо-западное происхождение. Основной массив носителей — в Псковской области и на юге Ленинградской, единичные записи встречаются в Новгородской и Тверской губерниях. Это не случайно: именно в псковских диалектах слово «шкет» зафиксировано с XIX века как общеупотребительное, тогда как в центральных и южных говорах его почти не знали. Фамилия, скорее всего, оформилась в среде крестьян-землепашцев или ремесленников — никакого дворянского или купеческого следа у неё нет.

Интересное расхождение: в украинском языке «шкет» означает «щенок», а в польском «szczekun» — «лающий», «ворчливый». Поэтому нельзя исключать, что фамилия могла возникнуть и на западнорусских землях как калька с польского прозвища. Но для русской фамилии Шкетун убедительнее всё же связь с малорослым или озорным человеком: суффикс -ун в русских фамилиях чаще образуется именно от прозвищ по поведению (Болтун, Крикун, Молчун), а не от зоонимов.

В дореволюционных источниках фамилия встречается исключительно в простонародной среде, без вариантов написания. Двойное написание — Шкетун или Шкэтун — не зафиксировано, хотя в диалектном произношении гласная могла звучать как нечто среднее между «е» и «и». Сегодня фамилия остаётся редкой: по открытым данным, в России её носит не больше нескольких сотен человек, и почти все они сосредоточены на северо-западе страны.