Фамилия Шкетин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не требует реконструкции. В русских говорах слово «шкет» хорошо известно: так в Поволжье, на Урале и в Сибири называли мальчика, подростка, паренька. Часто — с оттенком пренебрежения или шутки: «мелкий шкет», «шкет сопливый». Человек, получивший такое прозвище, мог быть невысоким, моложавым или просто младшим в семье.

Модель фамилии прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Шкетин — буквально «сын Шкета» или «человек из рода Шкета». Такая форма типична для северной и центральной России, где притяжательные фамилии на -ин образовывали от основ на -а, -я. В южных и восточных регионах тот же корень дал бы вариант Шкетов — но в реальности Шкетины встречаются почти исключительно в Вятской губернии и соседних областях, что подтверждает географическую привязку к севернорусскому ареалу.

Слово «шкет» не имеет однозначного тюркского или финно-угорского источника, хотя в диалектах Поволжья встречаются похожие звучания. Скорее всего, это исконно русское образование от глагола «шкетить» — «хитрить, проказничать, делать что-то исподтишка». В словаре Владимира Даля «шкет» зафиксирован именно в значении «шалун, плутишка». Таким образом, фамилия могла закрепиться за озорным подростком или за взрослым, сохранившим мальчишескую повадку.

В документах фамилия прослеживается с XVII века. В переписных книгах Казанского уезда 1646 года упомянут крестьянин Ивашко Шкетин — одно из ранних письменных свидетельств. В XIX веке Шкетины — преимущественно государственные крестьяне Вятской и Пермской губерний, реже мещане в уездных городах. В дворянских родословных фамилия не встречается, что неудивительно для прозвища с просторечным оттенком.

Родственные фамилии — Шкетов, Шкетков, Шкетихин — встречаются реже и часто являются диалектными вариантами того же корня. В современной России Шкетины расселены неравномерно: больше всего их в Кировской области и Удмуртии, что совпадает с историческим ареалом вятского говора.